Finalmente encontrei uma forma de fazer o Gnome lembrar das posições de cada programa na tela: a extensão Smart Auto Move, para Gnome Shell.
Desde que o Wayland substituiu o Xorg, no Ubuntu, algo tão básico assim deixou de funcionar. Pode soar como algo menor, mas, em um monitor grande, ter que reposicionar cada programa toda vez que abre não tem sentido…
E os desenvolvedores falam que "não é bug, é um recurso." (bom, pelo menos, achei algo pra reclamar sobre software livre)